Με στόχο την ενίσχυση της αποτελεσματικότητας του έργου της, τη βελτίωση των δραστηριοτήτων και των υπηρεσιών της και τη σταθερή παρουσία της στο προσκήνιο των ανθρωπιστικών πρωτοβουλιών, η Κάριτας Αθήνας υλοποιεί εθνικά, ευρωπαϊκά και διεθνή προγράμματα με την υποστήριξη δωρητών όπως το δίκτυο της Διεθνούς Κάριτας (Caritas Internationalis & Caritas Europa), την Ιταλική Επισκοπική Σύνοδο (Conferenza Episcopale Italiana), το CRS (Catholic Relief Services), την Caritas Italiana και συνεργατών όπως την Ύπατη Αρμοστεία των Ηνωμένων Εθνών (UNHCR), τον Διεθνή Οργανισμό Μετανάστευσης (ΔΟΜ), το Υπουργείο Μετανάστευσης & Ασύλου, κοινωφελή ιδρύματα και φορείς.
Από την αρχή της προσφυγικής κρίσης στην Ελλάδα (Αύγουστος 2015) η Κάριτας Αθήνας επέκτεινε τις δραστηριότητές της με γνώμονα την οργανωμένη αλληλεγγύη, την ανακούφιση των βασικών αναγκών και των διαδικασιών κοινωνικής ένταξης των προσφύγων. Έως και τον Οκτώβριο του 2021 έχει εξυπηρετήσει περίπου 1.000.000 άτομα μέσω διαφόρων δράσεων.
Την περίοδο αυτή η Οργάνωση συμμετέχει και εκτελεί τα παρακάτω προγράμματα: